物語は元治元年（1864年）3月の京都から始まる。
両親を長州藩士に殺された市村鉄之助は、強くなりたい一心で兄・辰之助に付いて新撰組の門を叩く。
しかし見た目と態度の悪さから“チビ”とあしらわれ、中々入れてもらえない。
そんな折ひょんな事から出会った新撰組隊士の一人・沖田総司の仲立ちでなんとか入隊許可が降りた。
土方の小姓となるも、当初の目的である修行のイメージとは異なる自分の立場に不満を感じ葛藤する。